1984年東京大学理学部物理学科卒業．1989年東京大学大学院理学系研究科物理学修了．理学博士．「コンピュータシミュレーションをもとにした生命システムの理解」＝「複雑系」を研究テーマとし，ダイナミクスからみた生命理論の構築を目指す．博士号取得後間もなく，進化の理論的研究に着手し，カオスの生態系における意義についての新理論を金子邦彦氏と共に提唱．当時新たな研究領域として確立され始めた人工生命の研究も開始．1990年から98年にかけては，主として自己複製や計算理論，ゲーム理論の研究を，98年以降は，おもに運動論的な知覚，認知のモデル，進化の研究を展開．この研究成果は『複雑系の進化的シナリオ』(朝倉書店)としてまとめられている．また，生命進化における情報の扱われ方を計算論的視点からどのように捉えるかという問題について，DNAとそれを読む酵素の共進化という視点から「チューリングマシンが互いに互いのテープを読みあって相互に新しいマシンを生成するネットワーク」という理論的なモデルを構築し，解析に着手．その後，同モデルをもとに進化可能性のモデル化にも成功した．同時期に東京大学助教授に就任．これらの研究を推進する中でヨーロッパの研究者と密接な関わりが増加．EUの複雑系プロジェクト"Embodied Cognitive Agent"において知覚や認知の理論的研究と抽象化学反応系について研究を進め，知覚をダイナミックに捉える理論形成に大きく寄与．現在までに人工生命の国際会議を隔年で9回開催，当該研究分野において多大な貢献をするほか，３つの国際ジャーナルの編集(BioSystems, ArtificialLife, Interaction Studies)を務めている．一方で，サウンド・アーティストの渋谷慶一郎と，第三項音楽という新しいサウンド・アート活動を提唱し，山口情報芸術センター [YCAM]で《filmachine》（2006）や《MTM [Mind Time Machine]》（2010）などのインスタレーションを発表．